Importancia clínica del diagnóstico de la metahemoglobinemia / Clinical importance of the diagnosis of methemoglobinemia

Introducción: La metahemoglobina es una forma de hemoglobina en la que el grupo hemo, usualmente en forma ferrosa, es oxidado a forma férrica, lo que afecta el transporte de oxígeno. El incremento por encima de los valores de referencia se denomina metahemoglobinemia. Objetivo: Actualizar conceptos como prevención, manifestaciones clínicas, diagnóstico de laboratorio y tratamiento de elección de esta enfermedad, con la información disponible de la última década. Métodos: Se realizó una revisión de la literatura en inglés y español, a través del sitio web PubMed, el motor de búsqueda Google académico y Scielo, de artículos publicados en los últimos 10 años. Los términos de búsqueda usados incluyeron metahemoglobinemia, déficit de citocromo b5 reductasa, cianosis y cooximetría. Análisis y síntesis de la información: La metahemoglobinemia se puede clasificar en congénita y adquirida, esta última es la más frecuente. Es importante el diagnóstico de esta enfermedad que aunque es un padecimiento poco común, puede cursar con complicaciones graves e incluso la muerte. Puede ser evitable con diagnóstico temprano y tratamiento oportuno para reducir las complicaciones asociadas a este cuadro. Conclusiones: El diagnóstico y el tratamiento, profiláctico y terapéutico de la metahemoglobinemia en su etapa aguda o de mantenimiento, requieren la adecuada actualización del profesional de la salud(AU)

Introduction: Methemoglobin is a form of hemoglobin in which the heme group, usually in the ferrous form, is oxidized to the ferric form, which affects oxygen transport. The increase above the reference values ​​is called methemoglobinemia. Objective: To update concepts such as prevention, clinical manifestations, laboratory diagnosis and treatment of choice for this disease, with the information available from the last decade. Methods: A review of the literature in English and Spanish was carried out, through the PubMed website, the academic Google search engine and Scielo database, of articles published in the last 10 years. Search terms used included methemoglobinemia, cytochrome b5 reductase deficiency, cyanosis, and co-oximetry. Analysis and synthesis of information: Methemoglobinemia can be classified into congenital and acquired, the latter being the most common. It is important to diagnose this disease, which, although it is a rare condition, can cause serious complications, and even death, which are avoidable with early diagnosis and timely treatment that reduce the complications associated with this condition. Conclusions: The diagnosis and treatment, prophylactic and therapeutic, of methemoglobinemia, in its acute or maintenance stage, require adequate updating of the health professional(AU)

A NEW RECORD OF Leishmania (Viannia) guyanensis (Trypanosomatidae) FROM THE PACIFIC COAST OF COLOMBIA / Un nuevo registro de Leishmania (Viannia) guyanensis (Trypanosomatidae) de la costa pacífica de Colombia

ABSTRACT The aim of this study was the identification of Leishmania species that causes cutaneous leishmaniasis in a patient from Buenaventura, Valle del Cauca, on the Pacific coast of Colombia. Clinical samples were obtained from a 29 years-old male who presented a distinct ulcer with raised borders on his neck. Samples were taken for direct microscopic examination, parasite culture, and molecular identification of the infecting Leishmania species by sequencing of the cytochrome b gene. Direct examination was positive for amastigotes of Leishmania but the culture was negative. The infecting parasite species was identified as L. (V.) guyanensis by means of the nucleotide sequence of a 509 bp fragment of the cytochrome b gene. We report the presence of L. (V.) guyanensis in rural areas of Buenaventura in Valle del Cauca, and the expansion of the geographical distribution of this species in the Pacific region of Colombia.

RESUMEN El objetivo de este estudio fue identificar la especie de Leishmania causante de la leishmaniasis cutánea en un paciente de Buenaventura, Valle del Cauca, en la costa Pacífica de Colombia. Se obtuvieron muestras clínicas de un varón de 29 años de edad que presentó una úlcera distintiva con bordes levantados en el cuello. Se tomaron muestras para examen microscópico directo, cultivo de parásitos e identificación molecular de la especie infectante de Leishmania mediante secuenciación del gen del citocromo b. El examen directo fue positivo para amastigotes de Leishmania pero el cultivo fue negativo. La especie parasitaria infectante se identificó como L. (V.) guyanensis por medio de la secuencia de nucleótidos de un fragmento de 509 pb del gen citocromo b. Con este reporte notificamos la presencia de L. (V.) guyanensis en zona rural del municipio de Buenaventura en el Valle del Cauca y la expansión de la distribución geográfica de esta especie en la región Pacífica de Colombia.

Molecular characterization and genetic relationships of seven piranha species of the genera Serrasalmus and Pygocentrus (Characiformes: Serrasalmidae) from Paraná-Paraguay, São Francisco and Tocantins River basins in Brazil / Caracterização molecular e relações genéticas de sete espécies de piranhas dos gêneros Serrasalmus e Pygocentrus (Characiformes: Serrasalmidae) das bacias hidrográficas Paraná-Paraguai, São Francisco e Tocantins, no Brasil

Abstract Genetic and phylogenetic relationships among seven piranha species of the genera Serrasalmus and Pygocentrus from the Paraná-Paraguay, São Francisco and Tocantins River basins were evaluated in the present study by partial sequences of two mitochondrial genes, Cytochrome b and Cytochrome c Oxidase I. Phylogenetic analysis of Maximum-Likelihood and Bayesian inference were performed. Results indicated, in general, greater genetic similarity between the two species of Pygocentrus (P. nattereri and P. piraya), between Serrasalmus rhombeus and S. marginatus and between S. maculatus, S. brandtii and S. eigenmanni. Pygocentrus nattereri, S. rhombeus and S. maculatus showed high intraspecific genetic variability. These species have each one, at least two different mitochondrial lineages that, currently, occur in sympatry (S. rhombeus) or in allopatry (P. nattereri and S. maculatus). Species delimitation analysis and the high values of genetic distances observed between populations of S. rhombeus and of S. maculatus indicated that each species may corresponds to a complex of cryptic species. The non-monophyletic condition of S. rhombeus and S. maculatus reinforces the hypothesis. The geographic distribution and the genetic differentiation pattern observed for the piranha species analyzed herein are discussed regarding the geological and hydrological events that occurred in the hydrographic basins.

Resumo Relações genéticas e filogenéticas de sete espécies de piranhas dos gêneros Serrasalmus e Pygocentrus das bacias hidrográficas Paraná-Paraguai, São Francisco e Tocantins foram avaliadas com base em sequências parciais dos genes mitocondriais Citocromo b e Citocromo c Oxidase I. Foram realizadas análises filogenéticas de Máxima Verossimilhança e de inferência Bayesiana. Os resultados indicaram, em geral, maior similaridade genética entre as duas espécies de Pygocentrus (P. nattereri e P. piraya), entre Serrasalmus rhombeus e S. marginatus e entre S. maculatus, S. brandtii e S. eigenmanni. Pygocentrus nattereri, S. rhombeus e S. maculatus revelaram ter alta variabilidade genética intraespecífica. Essas espécies têm, cada uma, pelo menos duas linhagens mitocondriais que, atualmente, ocorrem em simpatria (S. rhombeus) ou alopatria (P. nattereri e S. maculatus). Análises de delimitação de espécies e os altos valores de distância genética observados entre as populações de S. rhombeus e de S. maculatus indicam que cada espécie pode, na verdade, corresponder a um complexo de espécies crípticas. A condição não-monofilética de S. rhombeus e S. maculatus reforça essa hipótese. A distribuição geográfica e o padrão de diferenciação genética observados para as espécies de piranhas analisadas são discutidos com relação aos eventos geológicos e hidrológicos que ocorreram nas bacias hidrográficas.

Estimación del tiempo límite de detección del gen citocromo b de humanos en hembras de Lutzomyia evansi / Estimation of time detection limit for human cytochrome b in females of Lutzomyia evansi

Resumen Introducción. Las técnicas de biología molecular han permitido ampliar el conocimiento sobre las fuentes de ingestión de sangre de los insectos vectores. Sin embargo, la utilidad de estas técnicas depende de la cantidad de sangre ingerida y del proceso de digestión en el insecto. Objetivo. Determinar el tiempo límite de detección del gen citocromo b (Cyt b) de humanos en hembras de Lutzomyia evansi alimentadas experimentalmente. Materiales y métodos. Se evaluaron ocho grupos de hembras de L. evansi alimentadas con sangre humana, las cuales fueron sacrificadas en intervalos de 24 horas desde el momento de la ingestión sanguínea. Se extrajo el ADN total de cada hembra y se amplificó un segmento de 358 pb del gen Cyt b. Los productos amplificados fueron sometidos a un análisis de polimorfismos en la longitud de los fragmentos de restricción (Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP), con el fin de descartar falsos positivos. Resultados. El segmento del gen Cyt b de humanos fue detectado en 86 % (49/57) de las hembras de L. evansi a partir de las 0 horas y hasta 168 horas después de la ingestión de sangre. En 7 % (4/57) de los individuos se amplificó el ADN del insecto y en el 7 % restante no se amplificó la banda de interés. No se encontraron diferencias estadísticas en cuanto a la amplificación del segmento del gen Cyt b de humanos ni al número de muestras amplificadas entre los grupos de hembras sacrificadas a distintas horas después de la ingestión. Conclusión. El segmento del gen Cyt b de humanos fue detectable en hembras de L. evansi hasta 168 horas después de la ingestión de sangre.

Abstract Introduction: Molecular biology techniques have allowed a better knowledge of sources of blood meals in vector insects. However, the usefulness of these techniques depends on both the quantity of ingested blood and the digestion process in the insect. Objective: To identify the time limit for detection of the human cytochrome b (Cyt b) gene in experimentally fed females of Lutzomyia evansi. Materials and methods: Eight groups of L. evansi females were fed on human blood and sacrificed at intervals of 24 hours post-ingestion. Total DNA was extracted from each female and a segment of 358 bp of Cyt b was amplified. In order to eliminate false positives, amplification products were subjected to a restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis. Results: The human Cyt b gene segment was detected in 86% (49/57) of the females of L. evansi, from 0 to 168 hours after blood ingestion. In 7% (4/57) of the individuals we amplified insect DNA, while in the remaining 7%, the band of interest was not amplified. We did not find any statistical differences between groups of females sacrificed at different times post-blood meal regarding the amplification of the human Cyt b gene segment or the number of samples amplified. Conclusion: The human Cyt b gene segment was detectable in L. evansi females up to 168 hours after blood ingestion.

Molecular characterization and genetic relationships of seven piranha species of the genera Serrasalmus and Pygocentrus (Characiformes: Serrasalmidae) from Paraná-Paraguay, São Francisco and Tocantins River basins in Brazil

Abstract Genetic and phylogenetic relationships among seven piranha species of the genera Serrasalmus and Pygocentrus from the Paraná-Paraguay, São Francisco and Tocantins River basins were evaluated in the present study by partial sequences of two mitochondrial genes, Cytochrome b and Cytochrome c Oxidase I. Phylogenetic analysis of Maximum-Likelihood and Bayesian inference were performed. Results indicated, in general, greater genetic similarity between the two species of Pygocentrus (P. nattereri and P. piraya), between Serrasalmus rhombeus and S. marginatus and between S. maculatus, S. brandtii and S. eigenmanni. Pygocentrus nattereri, S. rhombeus and S. maculatus showed high intraspecific genetic variability. These species have each one, at least two different mitochondrial lineages that, currently, occur in sympatry (S. rhombeus) or in allopatry (P. nattereri and S. maculatus). Species delimitation analysis and the high values of genetic distances observed between populations of S. rhombeus and of S. maculatus indicated that each species may corresponds to a complex of cryptic species. The non-monophyletic condition of S. rhombeus and S. maculatus reinforces the hypothesis. The geographic distribution and the genetic differentiation pattern observed for the piranha species analyzed herein are discussed regarding the geological and hydrological events that occurred in the hydrographic basins.

Resumo Relações genéticas e filogenéticas de sete espécies de piranhas dos gêneros Serrasalmus e Pygocentrus das bacias hidrográficas Paraná-Paraguai, São Francisco e Tocantins foram avaliadas com base em sequências parciais dos genes mitocondriais Citocromo b e Citocromo c Oxidase I. Foram realizadas análises filogenéticas de Máxima Verossimilhança e de inferência Bayesiana. Os resultados indicaram, em geral, maior similaridade genética entre as duas espécies de Pygocentrus (P. nattereri e P. piraya), entre Serrasalmus rhombeus e S. marginatus e entre S. maculatus, S. brandtii e S. eigenmanni. Pygocentrus nattereri, S. rhombeus e S. maculatus revelaram ter alta variabilidade genética intraespecífica. Essas espécies têm, cada uma, pelo menos duas linhagens mitocondriais que, atualmente, ocorrem em simpatria (S. rhombeus) ou alopatria (P. nattereri e S. maculatus). Análises de delimitação de espécies e os altos valores de distância genética observados entre as populações de S. rhombeus e de S. maculatus indicam que cada espécie pode, na verdade, corresponder a um complexo de espécies crípticas. A condição não-monofilética de S. rhombeus e S. maculatus reforça essa hipótese. A distribuição geográfica e o padrão de diferenciação genética observados para as espécies de piranhas analisadas são discutidos com relação aos eventos geológicos e hidrológicos que ocorreram nas bacias hidrográficas.

Diagnostic Cytochrome b gene profiles for the identification of paca (Cuniculus paca) bushmeat: implications for the monitoring of illegal hunting and wildlife trade / Perfis diagnósticos do gene Citocromo b para a identificação molecular de paca (Cuniculus paca): implicações para a detecção e monitoramento de caça e comércio ilegal

Abstract Paca (Cuniculus paca Linnaeus, 1766) is the second largest rodent found in Brazil. The quality of the meat and a long tradition of hunting have contributed to the decline of the natural populations of this species. Hunting of paca is strictly prohibited in Brazil, but in spite of this restriction, no forensic tools are available for the identification of the meat. We describe an efficient method, based on single nucleotide polymorphisms of the cytochrome b gene, that can be used to differentiate biological material derived from paca from those of domestic species commonly used as sources of meat. The identification of the presence of C. paca in the samples was 100% reliable.

Resumo Paca (Cuniculus paca Linnaeus, 1766) é o segundo maior roedor brasileiro. A qualidade da carne e a forte tradição da caça de subsistência são fatores que contribuem significativamente para o declínio das populações. Apesar da proibição a caça no Brasil, no momento ainda não há ferramentas disponíveis para identificar a carne e seus produtos como prova forense. Neste trabalho propomos um método eficaz de identificação, baseado em polimorfismos de único nucleotídeo no gene Citocromo b, objetivando diferenciar material biológico de paca das espécies domésticas comumente utilizadas como alimento no Brasil. A identificação das amostras de paca foram possíveis em 100% das amostras analisadas.

Mesoamerican tree squirrels evolution (Rodentia: Sciuridae): a molecular phylogenetic analysis / Evolución de las ardillas arborícolas mesoamericanas (Rodentia: Sciuridae): un análisis filogenético molecular

The tribe Sciurini comprehends the genera Sciurus, Syntheosiurus, Microsciurus, Tamiasciurus and Rheinthrosciurus. The phylogenetic relationships within Sciurus have been only partially done, and the relationship between Mesoamerican species remains unsolved. The phylogenetic relationships of the Mesoamerican tree squirrels were examined using molecular data. Sequence data publicly available (12S, 16S, CYTB mitochondrial genes and IRBP nuclear gene) and cytochrome B gene sequences of four previously not sampled Mesoamerican Sciurus species were analyzed under a Bayesian multispecies coalescence model. Phylogenetic analysis of the multilocus data set showed the neotropical tree squirrels as a monophyletic clade. The genus Sciurus was paraphyletic due to the inclusion of Microsciurus species (M. alfari and M. flaviventer). The South American species S. aestuans and S. stramineus showed a sister taxa relationship. Single locus analysis based on the most compact and complete data set (i.e. CYTB gene sequences), supported the monophyly of the South American species and recovered a Mesoamerican clade including S. aureogaster, S. granatensis and S. variegatoides. These results corroborated previous findings based on cladistic analysis of cranial and post-cranial characters. Our data support a close relationship between Mesoamerican Sciurus species and a sister relationship with South American species, and corroborates previous findings in relation to the polyphyly of Microsciurus and Syntheosciurus’ paraphyly. Rev. Biol. Trop. 62 (2): 649-657. Epub 2014 June 01.

La tribu Sciurini comprende los géneros Sciurus, Syntheosciurus, Microsciurus, Tamiasciurus y Rheinthrosciurus. Las relaciones filogenéticas de Sciurus han sido resueltas parcialmente mientras que las relaciones de las especies Mesoamericanas permanecen sin resolverse. Las relaciones filogenéticas de las ardillas arborícolas mesoamericanas fueron estudiadas empleando datos moleculares. Datos de secuencias disponibles de forma pública (genes mitocondriales CYTB, 12S, 16S y gen nuclear IRBP) en conjunto con secuencias nuevas para el gen del Citocromo B de 4 especies mesoamericanas del genero Sciurus, fueron analizadas empleando un modelo bayesiano de coalescencia multi-especie. Los análisis filogenéticos del conjunto de datos multilocus mostraron que las especies neotropicales forman un clado monofilético. El género Sciurus resulto ser parafilético debido a la inclusión de las especies de Microsciurus (M. alfari y M. flaviventer). Las especies suramericanas S. aestuans y S. stramineus presentaron una relación de especies hermanas. El análisis de un solo locus basado en el conjunto de datos más compacto y completo (secuencias del gen del citocromo B), apoyó la naturaleza monofilética de las especies suramericanas y recuperó un clado mesoamericano que incluye a S. aureogaster, S. granatensis y S. variegatoides. Estos resultados corroboran los descubrimientos previos que emplearon datos morfológicos craneales y pos-craneales. Nuestros datos apoyan la relación cercana entre las especies de Sciurus Mesoamericanas y la relación hermana de estas con las especies de Suramérica, así como también corroboran la relación polifilética de Microsciurus y parafilética de Syntheosciurus previamente reportadas.

Principales marcadores moleculares utilizados para la identificación de Babesia bovis y Babesia bigemina / Principal molecular markers used to identify Babesia bovis and Babesia bigemina

Este artículo describe los principales marcadores moleculares utilizados para la identificación de B. bovis y B. bigemina reportados en la literatura científica. Para ello se diseñó una revisión sistemática a partir de la aplicación de la estrategia metodológica PICO modificada con el objetivo de definir las secuencias nucleotídicas detectadas en los diferentes sitios geográficos y su utilidad diagnóstica. Se realizó una búsqueda avanzada con los términos “Babesia bovis” y “DNA” y “Babesia bigemina” y “DNA” en las bases de datos ScienceDirect, SpringerLink y PubMed que después de ser filtradas permitieron obtener un resultado total de 68 artículos originales. Tanto los artículos incluidos como los excluidos fueron almacenados en tablas, en las cuales se presenta la justificación de su condición dentro del estudio. A los 68 artículos seleccionados se les aplicó una evaluación con criterios de inclusión y exclusión previamente definidos, de este modo, 21 artículos originales cumplieron con los criterios de inclusión y se incluyeron en el estudio. Se describe la utilidad de los marcadores moleculares referenciados en la literatura científica desde 1995 hasta el 2010: la subunidad pequeña RNAr, el gen citocromo b, gen msa-1 and msa-2c, el gen Bv, el factor de elongación alfa (EF-1α), el gen de la beta-Tubulina, SBP 1-2-3, y los RAP; su aplicación diagnóstica y su utilización en los diferentes sitios geográficos. Los marcadores moleculares utilizados para la detección de las babesias bovinas varían dependiendo de la región geográfica, grado de conservación genética y resultados de estudios previos que concluyen su utilidad diagnóstica.

Caracterización molecular de poblaciones venezolanas de Sigmodon hirsutus (Rodentia: Cricetidae)

Molecular characterization of Sigmodon hirsutus (Rodentia: Cricetidae) populations in Venezuela. Recent phylogenetic studies based on cytochrome b gene sequence, have determined that the species historically known as Sigmodon hispidus (Rodentia) from South America comprises a species S. hirsutus of paraphyletic origin. The aim of this study was to test the hypothesis that populations from Venezuela, represent the sensu strict form, ancestral haplotypes, and monophyletic subspecies. For this, 12 individual sequences from three localities of different biogeographic regions in Venezuela were evaluated and sequenced based on cyto b. Additionally, the sequences were used to develop a cladistic analysis and genetic distance calculations, and to compare this information with two individual sequences of Sigmodon specimens available in Genbank. Phylogenetic analyses show that the three populations of S. hirsutus of Venezuela form an ancestral and monophyletic subclade supported by high bootstrap values and significant genetic distance between subclade within the S. hirsutus. Besides, the existence of two lineages suggests two subspecies, S. hirsutus hirsutus from Venezuela, and S. hirsutus mexicanus from Mexico-Central America, but, both species need formal description. Rev. Biol. Trop. 59 (2): 795-807. Epub 2011 June 01.

Recientes estudios filogenéticos basados en la secuencia del gen del citocromo b, han determinado que la especie conocida históricamente como Sigmodon hispidus (Rodentia) en Suramérica incluye una especie S. hirsutus de origen parafilético. El objetivo de este estudio fue probar la hipótesis de que las poblaciones de Venezuela, representan la forma sensu estricto, los haplotipos ancestrales y una subespecie monofilética. La metodología consistió en un análisis cladístico y cálculos de distancia genética, a partir de secuencias de citocromo b en 12 individuos de tres localidades en Venezuela que pertenecen a diferentes regiones biogeográficas, y a su vez compararlas con las dos secuencias disponibles en Genbank de especies del género Sigmodon. Los análisis filogenéticos indican que las tres poblaciones de S. hirustus de Venezuela forman un subclado ancestral y monofilético con el apoyo de valores de bootstrap altos y con significativa distancia genética, entre subclados dentro de S. hirsutus. La existencia de dos subclados dentro de S. hirsutus sugiere dos subespecies, S. hirsutus hirsutus en Venezuela y S. hirsutus mexicanus en México y Centroamérica. Sin embargo, ambas subespecies necesitan una descripción formal.

Infección por Trypanosoma cruzi y polimorfismo del Citocromo B del ADN mitocondrial en Triatoma maculata de Anzoategui y Portuguesa, Venezuela / Trypanosoma cruzi infection and cytochrome b polimorphism of mitochondrial dna in Triatoma maculata of Anzoátegui and Portuguesa states, Venezuela

Con el fin de entender la dinámica poblacional de Triatoma maculata, se analizó el polimorfismo genético y los índices de infección con Trypanosoma cruzi, utilizando triatominos provenientes de ecotopos y regiones geográficas diferentes. El índice de infección parasitaria para T. maculata, fue de 29.8% a través de la observación directa al microscopio y 40.3% utilizando el método de reacción en cadena de la polimerasa. Los niveles de infección encontrados incrementan la importancia de T. maculata como vector involucrado en el ciclo de transmisión de T. cruzi. El análisis del polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción de una región del gen Cyt B, permitió establecer en forma preliminar, diferencias en los patrones de bandas de este gen, según el origen geográfico de cada población. Esto puede asociarse a cambios relacionados con procesos adaptativos involucrados en la colonización de nuevos hábitats. No se observó variación genética para vectores capturados en diferentes ecotopos de una misma localidad. Sin embargo es evidente la participación del vector en el ciclo de transmisión, mostrando que la presencia de T. maculata en las casas no puede ser ignorada

In order to understand more about the populational dynamics of Triatoma maculata, the genetic polimorphism and the infection indexes of Trypanosoma cruzi were analysed, using triatomine obtained from different ecotopes and geographical regions. The parasitic infection index of T. maculata was 29.8% using the microscope direct observation, and 40.3% by the polymerase chain reaction method. Both methods were important for epidemiological screening of the vectors with low potential of infection. The amplification of one region the Cyt B gene of these organisms, followed by a restriction fragments length polymorphism analysis, allowed us to establish different patterns of bands according to the geographic origin of each population, which indicates the lack of migration between individuals of Portuguesa and Anzoátegui states. These genetic differences may be associated with changes in adaptative events involved in the colonization of new habitats. The lack of polymorphism among vectors collected in different habitats of the same region showed an important genetic flow which has epidemiological implications in the risk of transmission of the disease, showing that the presence of T. maculata in houses cannot be ignored

Diversidade genética e filogeografia molecular de Euphractus sexcinctus e Dasypus novemcinctus (Mammalia: Xenarthra) através de ADN mitocondrial (citocromo b) / Genetic diversity and molecular phylogeography of Euphractus sexcinctus and Dasypus novemcinctus (Mammalia: xenarthra) through the mitochondrial DNA (Cytocrome b)

Para este estudo foi sequenciado o gene mitocondrial Citocromo b (1140pb) em amostras de ADN de 12 exemplares de Euphractus sexcinctus e 67 exemplares de Dasypus novemcinctus. Análises filogenéticas (distância, máxima parcimônia e máxima vesossimilhança) e populacionais (median-joining) foram realizadas com objetivo de estudar a variação genética e a filogeografica destas duas espécies. Também foi avaliada a posição filogenética de outros Dasypodidae (Dasypus kappleri, Cabassous unicinctus, C. tatouay e Tolypeutes tricinctus). Os resultados confirmaram a monofilia de Dasypodidae, Dasypodinae, Euphractinae e Tolypeutinae, assim como a relação maior entre as duas últimas sub-famílias. Em E. sexcinctus foram identificados 11 haplótipos e em D. novemcinctus 49. As análises mostraram o alto polimorfismo do gene Citocromo b, a falta de estruturação genética das populações, uma baixa divergência genética (distância p) entre os haplótipos e mostraram que o Rio São Francisco não constitui uma barreira ao fluxo gênico nestas duas espécies, uma vez que o mesmo haplótipo ocorreu em suas duas margens. Três haplótipos de E. sexcinctus formaram em todas as análises um grupo que se distribui na região da Caatinga do extremo nordeste do Brasil, ao norte do Rio São Francisco. As análises mostraram quatro grupos entre os haplótipos de D. novemcinctus (49 deste estudo e 26 do Genbank), com uma clara separação entre o haplótipo norte-americano de todos os demais sul-americanos. Entre os sul-americanos existem três grupos, um formado por 65 haplótipos que se distribuem no Brasil, Argentina e Paraguai. Os outros dois grupos são menores, um ocorrendo na região Norte do Brasil (Amazonas e Pará) com três haplótipos e outro formado por seis haplótipos que ocorrem na Bahia, Rio de Janeiro e Rondônia. Embora suas características morfológicas sejam compatíveis com as descrições de D. novemcinctus, exemplares destes dois últimos grupos mostraram diferenças morfológicas em seus crânios...

DNA samples of 12 specimens of Euphractus sexcinctus and 67 specimens of Dasypys novemcinctus had the mitochondrial gene Cytochrome b (1140pb) amplified and sequenced. Phylogenetic (distance, maximum parsimony and maximum likelihood) and population (median-joining) analyses were carried out in order to study the genetic variation and phylogeography of these two species. It was also assessed the phylogenetic position of other Dasypodidae: Dasypus kappleri, Cabassous unicinctus, C. tatouay and Tolypeutes tricinctus. The results confirmed the monophyly of Dasypodidae, Dasypodinae, Euphractinae and Tolypeutinae, as well as the relationship between the two largest sub-families. In E. sexcinctus 11 haplotypes and in D. novemcinctus 49, were identified. The analyses showed the high polymorphism of the gene Cytochrome b, a lack of population genetic structure, a low genetic divergence (p distance) between haplotypes and that Rio São Francisco is not a barrier to gene flow in these two species, once the same haplotype occur in both margins. Three haplotypes of E. sexcinctus formed, in all analyses, a group that is distributed in the region of Caatinga, the extreme northeastern Brazil, north of Rio São Francisco. Analyses were congruent in showing four groups among D. novemcinctus haplotypes (49 of this study and 26 of Genbank), with a clear separation between United States haplotype and all other South American ones. Among South American haplotypes there are three groups, one is formed by 65 haplotypes distributed in Brazil, Argentina and Paraguay. The other two groups are smaller, one occurring in northern Brazil (Para and Amazonas) with three haplotypes, and another formed by six haplotypes occurring in Bahia, Rio de Janeiro and Rondônia. Although morphologic characteristics are compatible with the descriptions of D. novemcinctus, the latter two groups showed some morphologic differentiation in their skulls that corroborate molecular data and suggest...

A molecular method for a qualitative analysis of potentially coding sequences of DNA

Total sequence phylogenies have low information content. Ordinary misconceptions are that character quality can be ignored and that relying on computer algorithms is enough. Despite widespread preference for a posteriori methods of character evaluation, a priori methods are necessary to produce transformation series that are independent of tree topologies. We propose a stepwise qualitative method for analyzing protein sequences. Informative codons are selected, alternative amino acid transformation series are analyzed, and most parsimonious transformations are hypothesized. We conduct four phylogenetic analyses of philodryanine snakes. The tree based on all nucleotides produces least resolution. Trees based on the exclusion of third positions, on an asymmetric step matrix, and on our protocol, produce similar results. Our method eliminates noise by hypothesizing explicit transformation series for each informative protein-coding amino acid. This approaches qualitative methods for morphological data, in which only characters successfully interpreted in a phylogenetic context are used in cladistic analyses. The method allows utilizing character information contained in the original sequence alignment and, therefore, has higher resolution in inferring a phylogenetic tree than some traditional methods (such as distance methods).

Filogenias baseadas em seqüências totais têm baixo conteúdo informativo. Erros comuns são acreditar que a qualidade dos caracteres pode ser ignorada e que é suficiente confiar nos algoritmos computacionais. Apesar de ampla preferência por métodos a posteriori para a avaliação de caracteres, métodos a priori tornam-se necessários para produzir séries de transformação independentes das topologias das árvores. Propomos um método qualitativo passo a passo para analisar seqüências de proteínas. Codons informativos são selecionados, séries de transformação alternativas de aminoácidos são analisadas e as transformações mais parcimoniosas são hipotetizadas. Conduzimos quatro análises filogenéticas em cobras Phylodrininae. A árvore baseada em todos os nucleotídeos produz a menor resolução. Árvores baseadas na exclusão das terceiras posições, numa matriz de passos assimétrica, e em nosso protocolo de análise produzem resultados similares. Nosso método elimina ruído ao hipotetizar séries de transformação explícitas para cada aminoácido informativo para a codificação de proteínas. Essa abordagem se aproxima de métodos qualitativos para dados morfológicos, nos quais apenas caracteres interpretados com sucesso num contexto filogenético são usados em análises cladísticas. O método permite utilizar informação de caracteres contidos no alinhamento original da seqüência e, portanto, tem maior poder de resolução para inferir árvores filogenéticas que alguns métodos tradicionais (como métodos de distância).